实验室实行理事会领导下的主任负责制和学术咨询制。由市委市政府、北京科技大学、辽宁科技大学、联建高校和企业共同发起成立实验室理事会，是实验室的决策机构。理事会成员由市委市政府、北京科技大学、辽宁科技大学、联建高校和企业、政府相关部门的代表组成，理事长由市委市政府主要领导同志担任。
